Većina bolesti današnjice je vezana uz poremećaje u mikrobiomu te je mikrobna ekologija, primjenom molekularnih alata, postala jedna od vodećih grana u istraživanju ljudskih bolesti. Uloga laboratorija je utvrđivanje uloge mikroorganizama u kvaliteti života kod različitih populacija te istraživanje mehanizama interakcije crijevnog mikrobioma i čovjeka te ulogu mikrobioma u nastanku kompleksnih bolesti. Laboratorij će se također baviti istraživanjem uloge mikroorganizama u utjecaju na okoliš, istraživanjem prehrambenih navika ljudi iz prošlosti te mikrobioloških čimbenika koji utječu na kvalitetu arheoloških nalazišta.
Istraživanja će pridonijeti znanjima o interakciji ekološkog sustava čovjek-okoliš te poboljšanju zdravstvenog stanja ljudi. Analize koje će se provoditi u okviru ovog laboratorija obuhvaćaju klasične mikrobiološke analize te primjenu novih metoda kao što je analiza (meta-)genoma, (meta-)transkriptoma, sekvenciranje sljedeće generacije, sekvenciranje pojedinačnih stanica, metabolomika te ispitivanje fiziologije stanica u realnim sustavima.
Najvažnija oprema laboratorija je:
- ImageXpress Micro Confocal High-Content Imaging System:
- integrirani sustav namijenjen fotografiranju/snimanju stanica, te cjelokupnoj analizi dobivenih podataka zahvaljujući integriranom MetaXpress software-u.Posebno je dizajniran za brzi automatizirani screening fluorescentno obilježenih bioloških uzoraka u mikropločicama. Također, opremljen je sljedećim dodatnim opcijama:1) sustav kontrole atmosfere za žive stanice (za mikropločice);2) fazno-kontrastni sustav (transmitted light modul);
3) nosač mikroskopskih stakalaca za klasične mikroskopske histološke i stanične preparate.
Sve glavne optičke i mehaničke komponente su motorizirane i mogu se asinhrono pokretati, što omogućava potpunu kontrolu željene konfiguracije kroz MetaXpress software.
Mikroskop je opremljen CMOS kamerom, Nikonovim objektivima (4x Plan Apo Lambda, 10x Plan Apo Lambda, 20x Super Plan Fluor ELWD – jedini za fazni kontrast, 40x Plan Apo Lambda, 60x Plan Apo Lambda, 60x Plan Apo Oil, 100x CFI Plan EPI), te filterima za DAPI, FITC, TRITC-Cy3 i Cy5. Geometrije su widefield, 50 µm slit i 60 µm pinhole.
- integrirani sustav namijenjen fotografiranju/snimanju stanica, te cjelokupnoj analizi dobivenih podataka zahvaljujući integriranom MetaXpress software-u.Posebno je dizajniran za brzi automatizirani screening fluorescentno obilježenih bioloških uzoraka u mikropločicama. Također, opremljen je sljedećim dodatnim opcijama:1) sustav kontrole atmosfere za žive stanice (za mikropločice);2) fazno-kontrastni sustav (transmitted light modul);
Voditelj Laboratorija za mikrobnu ekologiju: dr.sc. Luka Bočkor
Kontakt e- mail: luka.bockor@redesign.inantro.hr
